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至今它仍是剑桥唯一的一所不由院士选举、而由王室根据首相的提议任命院长的学院。
1614年詹姆斯一世留宿三一学院时，整个学院里禁止吸烟，因为众所周知，这位国王厌恶吸烟。为了供他消遣，教师们安排了一场哲学戏，一场有关“狗们是否进行三段论”问题的辩论表演。
最后得出结论，狗不能思维。
那位君主听后说，他的狗是例外。
教师们钻牛角尖地高声附和。
毫无疑问，剑桥是一个精神活跃的地方，充满神学和政治的辩论，获益匪浅的不光是年轻的弥尔顿。
在悉尼？苏塞克斯学院，学生奥利弗？克伦威尔接触到了加尔文教的思想，1640年他以一票的优势代表剑桥被选进了议会――“那唯一的一票既毁了教会也毁了王国。”圣约翰学院的院士、诗人约翰？克利夫兰议论道。
1643年克伦威尔返回来，将学院变成了军营，将剑桥变成了东英吉利议会运动的司令部。
大多数院长丢掉了他们的官职，有一半院士，共200多人，被解雇了。
在君主制复辟之后，统一行为又恢复了英国的旧规定。
王室的宠儿被指派来担任大学校长。在此期间，能够以笛卡尔的坚定不移进行研究和教学的不光是剑桥的柏拉图主义者们，一个自由宗教哲学组织：“道理是主的烛光。”信仰寻找理性的理由，理性发现了一种新的宗教——自然科学。
伦敦皇家俱乐部（1660年）成立后设立了数学、化学和天文学的教授席位，艾萨克？牛顿这颗明星在剑桥上空闪耀。
18世纪，王室和议会进一步听任大学自主管理。教师和学生们干他们最想干的事：学习、享乐。
1800年左右，剑桥（和牛津）的名声受到损害。
另外两所大学超过了它们，尤其是在自然科学方面：苏格兰的爱丁堡大学和德国的哥廷根大学，那是乔治二世创办的大学，不久就成了汉诺威人最著名的大学。
另外，在英格兰也首次出现了竞争对手，德勒姆大学（1832年）和伦敦大学（1836年），“牛剑”失去了它的垄断地位。
同时大学生的人数却在上升。
发达起来的资产阶级的中等阶层需要新的培养场所。
在维多利亚王朝这一越来越工业化和商业化的社会里，剑桥也感觉到必须帮忙，应该改革了。一位科堡…高塔王子、维多利亚女王的丈夫阿尔伯特推动了这次改革。
1847年，剑桥大学以微弱的多数将这位不受欢迎的德国人选为校长。
1871年，又一项法律结束了对不信奉英国国教者的歧视。1861年，人们注意到了第一位已婚教师，这显示剑桥大学在渐渐地脱离中世纪。
1860年前这所大学正式取消了禁止院士结婚的规定。
由于各学院有权自主决定此事，直到1880年之后，院士们的结婚愿望才取得了成功。
这给剑桥带来了一场建筑和婴儿的小小兴旺。
1870年，当时的大学校长，威廉？卡文迪什，德文郡的第七代公爵，资助了一个实验物理学教授席位和一所实验室，两者都是以他的一位祖先、物理学家亨利？卡文迪什的姓氏命名的。
那是自然科学辉煌发展的开始。
19世纪剑桥人口增加了四倍，居民人数将近五万。永远年轻、迷人的鲁珀特？布鲁克的精神，美人和智者围聚在他周围，一个撑船比赛、五朔节集会和布鲁莱利口酒的世界。
两场大战之间的剑桥是一个快乐优雅和知识论争的地方，代表人物有伯特兰？罗素、梅纳德？凯恩斯、路德维希？维特根斯坦。哲学、经济和自然科学发达，学生戏剧和道德科学俱乐部赫勒蒂克斯或所有俱乐部中最高档的使徒俱乐部等辩论协会也很兴旺。
希特勒的上台让这些争论变成了血淋淋的现实。
弗吉尼亚？沃尔夫的侄子朱利安？贝尔及其朋友约翰？康福德就属于在西班牙内战中阵亡的年轻的剑桥志愿者，书包里装着《资本论》。
1933年后，很多大学生和教师觉得马克思主义是唯一值得钦佩的选择。
国王学院的院士、历史学家埃里克？霍布斯鲍姆甚至直到1990年都还是共产党员。大学援助委员会是个于1933年开始工作的援助组织，当时，在它的帮助下，首先是流亡的自然科学家在剑桥找到了避难所，其中有维也纳化学家马克斯？佩鲁茨，他于1947年建立了享誉全球的分子生物学实验室。
因为他的毕生事业，对血红蛋白的研究，佩鲁茨于1962年和他的同事约翰？肯德鲁一起荣获诺贝尔奖。今天剑桥大学共有31所独立自治学院，约一万九千名学生。
新建的学院里有些是纯粹的研究生院：达尔文学院、沃尔夫森学院、克莱尔学堂。这一发展始于1934年新建的大学图书馆，到20世纪末就在城西出现了一个新校园。
2009年，剑桥大学举行了隆重的校庆，纪念建校800周年。
2015年，剑桥大学受邀参加中国国际教育展。
办学条件机构设置组织架构剑桥大学实际上只是一个组织松散的学院联合体，各学院高度自治，但是都遵守统一的剑桥大学章程，该章程是由大学的立法机构起草通过的，每年还会修订。
剑桥大学只负责考试与学位颁发，而招收学生的具体标准则由各学院自行决定，并自行招生。
剑桥的31所学院错落有致地分布在只有10万人左右的小镇里。这些学院建于不同的时代，最早的已有七、八百年历史了。就像它们的建筑一样各具特色。
大学与学院虽相辅相成，却是不同的实体，在经济上也是独立的。大学是公有制，由国家拨款，而学院则为私有，自谋生路，自负盈亏。大学负责研究生的，而学院则负责本科生的招生，数量则由大学统一规划。
所有学生的教学是由大学负责的，而学院负责学生的生活和本科生的业余辅导。每年年底，大学按照各学院本科生的成绩，按一定规则打分，把学院排队，促使学院之间相互竞争。
剑桥大学的校长是由学校参议院选举产生的，一般都由社会上受人尊敬、有名望的人担任。
校长一职是象征性的，校长很少介入大学事务，一般只负责颁发荣誉学位和出席学校的各种庆典等，虽然他也可以给副校长和大学管理人员提供建议。
真正负责大学日常事务的是副校长，由大学会议（kouncil）提名，剑桥摄政院（segent house）投票任命。
副校长下面还有多位助理副校长，负责专门的领域，协助副校长主持日常工作。
摄政院是大学最高立法与权力机关，由各学院的教职人员组成，有大约3，000名成员。他们可以制订或修改学校规章、章程，投票任命副校长、大学会议成员、颁发学位和荣誉学位。
决策的制定分两种：第一种是较简单、意见同意的动议（如任命校长和大学人员），一般都由大学会议提出，发表在剑桥校刊上发表公告，如果在10天内没有一定数目的摄政院成员反对，就算通过。
而如果是由大学会议以外人士提出的比较复杂、重大的动议，则也是由提案人先将动议发表在校刊上，然后举行公开辩论，最后在提案人考虑过所有意见后，建议摄政院修改提案，然后再发表在校刊上，如10天内无一定数目的摄政院成员反对就算通过。
但如果有一定数量的成员认为有必要，则摄政院需举行投票。投票是通过邮寄方式完成的。
当摄政院召开会议时由校长主持，如果校长不在则由副校长主持，如副校长也缺席则由其指定的某一学院院长主持。一般都不必开会就可解决，但每年6月份必须召开4次会议，核准学位的颁发。
此外，如果剑桥大学需要颁发荣誉学位之前摄政院也需开会表决。剑桥大学参议院曾经是最高立法机关，唯一的职责是选举校长。
参议院成员包括所有获得剑桥大学硕士以上学位的学生或教授。
大学会议全称参议院会议，负责日常行政工作，成员共21人，包括校长（但一般不出席）、副校长和19名由选举产生的成员。19人包括4名学院院长代表、4名教授代表、8名来自摄政院的其他成员和3名学生代表（其中至少有1名是研究生）。
前三类成员由摄政院选举产生，学生代表则由学生选举产生。
剑桥大学现有超过150所科系和研究机构，科系的成员通常也是一所或多所学院的成员，通常负责大学的学术和研究工作。大学的科系和研究机构被组合为六所主要的科系，每个主要科系由许多科系和研究机构组成，并拥有一个议会负责监督不同机构的教学和研究工作。剑桥大学六所主要的科系是：艺术和人文、生物科学（包括兽医医药）、临床医学、人文和社会科学、自然科学、技术。除此之外，剑桥大学的一些机构也负责大学的教学和研究，这包括剑桥大学考试委员会、剑桥大学出版社和剑桥大学图书馆。
在剑桥大学学校800多年的历史中，涌现出牛顿、达尔文等一批引领时代的科学巨匠；造就了培根、凯恩斯等贡献突出的文史学者；培养了弥尔顿、拜伦等开创纪元的艺术大师，从这里走出了8位英国首相以及92位诺贝尔奖获得者，这些都为剑桥大学奠定了世界近现代学术文化中心的地位。
从20世纪初就开始有中国的学生到剑桥大学留学，徐志摩的《再别康桥》更是把我们带入一个充满浪漫和诗意的地方，令我们仰慕，令我们遐想。
他曾满怀深情地说：“我的眼是康桥教我睁的，我的求知欲是康桥给我拨动的，我的自我意识是康桥给我胚胎的。”
浓浓的康桥情结挥之不去。
可惜最后浪漫的徐志摩，英年早逝了，他是金庸的表哥，当之无愧的才子。
剑桥大学为中华民族培养了许多有为之士。
除中国著名作家徐志摩外，还有萧乾、叶君健、金庸等作家。
除著名数学家华罗庚外，还有张文裕、蔡翘、陈立、王应睐、刘佛年、王鸿祯、朱既明、王竹溪、戴文赛、伍连德、丁文江、李林等科学家。此外，前世界乒乓球冠军邓亚萍也毕业于剑桥大学。
2015年香港小姐双料冠军麦明诗，毕业于该校法律系。
剑桥大学原校长布鲁斯爵士是英国皇家工程院院长，也是剑桥建校近800年来第一位工程师出身的校长，同时他也是北京大学名誉博士。
布鲁斯爵士为促进中英两国的科学文化交流做出了杰出的贡献。他不但促成李嘉诚基金会资助剑桥著名学者访问中国，建立了资助中国学生的专项奖学金“中国信用基金”，还成立了“中国问题研究中心”——东亚研究所，扩大了剑桥中国问题研究在世界的影响。
2005年9月30日，中国政府和英国剑桥大学签署了有关设立联合奖学金的协议，计划在3年内培养45名中国经济建设急需的高水平人才。
此项奖学金计划从2006年开始实施，每年资助15名优秀中国学生，持续3年。
中国国家留学基金管理委员会和剑桥大学海外基金会将各出资一半，提供学生的学费、生活费和往返英