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从1998年开始，中国社科院考古所（与生物物理所合作）、北京大学考古系等两个14C实验室分别进入稳定测试轨道，这标志着建构夏商周断代工程三代年代整体框架的关键性工作由此正式开始。
根据“工程”领导小组的分工，“工程”首席科学家仇士华在主管整个14C测年课题外，兼管考古所14C实验室的具体事宜。而北京大学考古系14C实验室则由陈铁梅、原思训负责。
按照14C测年的操作程序，首先要解决如何正确采集系列样品的问题， 14C测年专家经过和工程专家组研究，在工程所涉及的大量考古遗址中，选择了郑州商城、偃师商城、二里头、小双桥等10多个关键性遗址作为测年重点，要求每个遗址按照不同的考古地层关系，提供30—60个采集样品以供检测。当然，如果各方面条件允许，每个遗址的采集样品是多多益善。为了尽可能地做到准确无误，除采用原考古发掘时所出标本外，仇士华、陈铁梅、原思训等14C测年专家亲赴二里头、偃师商城、郑州商城、丰镐等遗址，和考古学家一起进行小规模试掘，从中提取对测年研究最具典型性和代表性的样品。当样品采集工作完成后，14C测年专家根据有关田野考古发掘报告和样品清单，进行选择、排队，然后按计划分别测定，再经树轮曲线校正得出结果。
以上提及的两个实验室的测年专家仇士华、蔡莲珍、陈铁梅、原思训、吴小红、张雪莲等，对二里头遗址采集的系列含碳样品进行14C年代测定、拟合，并与考古分期成果相互整合后，所推定的二里头文化一至四期年代范围见下表：
由上表可以看出，一直争论不休的二里头遗址的年代范围是公元前1880——1521年，其时间跨度为359年。显然，这个时间长度和文献记载的已被夏商周断代工程专家组采用的夏代积年的471年说尚有110多年的差距，这样一个不算太小的差距的出现到底意味着什么？有学者认为，二里头文化只是“后羿代夏”这一事件引起的夏代中晚期的夏文化而非早期文化，早期文化只能到河南龙山文化晚期中去寻找。如果找到了夏代早期文化，那么整个夏代积年便有可能和文献记载相合。工程专家组对二里头遗址的测年结果似早有预料，所以“工程”一开始，就列有“早期夏文化研究”这一专题，并决定对河南龙山文化晚期遗址进行考古发掘和14C检测。
河南龙山文化又称南王湾三期文化，是考古系教授邹衡于20世纪50年代末发掘南王湾遗址后作出的一个文化分期。南王湾三期文化在年代上晚于仰韶文化向龙山文化过渡时期，又明显早于二里头文化，其分布主要在豫西地区。在以前的考古发掘中，除南王湾之外，河南登封王城岗古城、瓦店等遗址都是规模较大的河南龙山文化晚期遗址，在这些遗址中，考古人员曾发现有大型房基、奠基坑及精美的玉器和陶器。所有这些发现为探寻早期夏文化提供了线索，也为夏商周断代工程打下了基础。
根据文献记载，河南嵩山南北地区是夏人立国前后的主要活动区域，传说中的禹之居阳城，启之都阳翟，太康之都斟鄩就在嵩山南北的登封、禹州、巩义境内。因此，嵩山南北地区的河南龙山文化和二里头文化是探索夏文化上限的主要对象。早在1959年，河南省文物工作队就专门组织了一个夏代文化遗存调查组，根据文献记载和前贤考证，以及有关历史传说中提供的夏代都城和夏人活动地点在河南豫西地区的地望为线索，进行了一次探索夏文化遗存的考古调查。根据调查的线索，从1975年起，河南省文物研究所（原文物工作队）即把登封王城岗一带作为探索夏文化遗存的发掘重点。
1977年春，河南考古队的安金槐与考古人员在一位当地老者的带领下，来到一个被称为“王城岗”的地方开始考古钻探。在一个距地表深约1．2米处的探孔中，发现了土质坚硬类似夯土的迹象，接着又发现了龙山文化黑陶片。未久，在告城镇西北约0．5公里和东周阳城仅一条五渡河之隔的颍河与五渡河交汇处，也就是当地人传说的“王城岗”上，接连发掘出两座东西并列的龙山文化中晚期的夯土城垣遗址。从钻探的情况看，两座城址尚存面积1万多平方米，其中西城内发掘出龙山文化中晚期残存房屋的夯土基址，在夯土基址下面发现有奴隶奠基坑和成排的灰坑、窖穴等遗迹，并出土了大量制作精致、品种多样的灰黑陶器、黑陶器、石器、骨器、蚌器等遗物，甚至还有一件形似铜斝的残片。根据出土的遗物和地层关系，安金槐等考古研究人员将王城岗遗址分为早晚五个文化期，并根据地理位置和有关文献资料记载，结合前贤所考证的夏代早期“禹都阳城”或“禹居阳城”的地望、名称，以及在附近发现的东周时代的阳城等等认为，王城岗龙山文化遗址就是夏代大禹王所居的“阳城”
王城岗发现夏代阳城的消息传出后，立即引起了国内外学术界的轰动，被誉为20世纪以来探索夏文化的又一次重大突破。但有许多学者对这一发现和认定表示不敢苟同，认为王城岗遗址的年代要早于学术界一般认定的夏代积年，更主要的是王城岗遗址的规模太小，与二里头遗址相比真可谓“小巫见大巫”根本不具备王者之气，只是一个普通的“小城邦”所以不能认定是夏禹王所居的“阳城”
尽管王城岗是否为夏禹所居的阳城这一问题，学术界未取得共识，但它作为河南龙山文化的一处重要遗址却是不争的事实，要研究早期夏文化，这个遗址是不可或缺的。正因为如此，工程“早期夏文化研究”专题组方燕明等河南省考古学者，自1996年下半年开始，在对登封王城岗原有的文化分期进一步研究的基础上，有计划地收集了已有含碳样品和试掘采集样品，对新采集的标本和原有发掘品中精选出的200多份含碳样品进行初步整理后，选出45份有代表性的样品供14C实验室进行测年。当这项工作结束后，专题组人员在方燕明指挥下，于1997年4月又开始了对禹州瓦店遗址的田野考古工作。
瓦店遗址于1979年发现，河南省文物考古所曾进行过多次发掘，认为这是一处河南龙山文化遗址。但由于范围较大，文化堆积层深厚，对遗址的性质一时还无法搞清。
为了解瓦店遗址的范围和面积，方燕明等考古人员对该遗址的东北角和东南角进行了大规模的钻探，钻探结果表明，这是一个总面积为20万平方米的遗址。通过有针对性的对重要地点的发掘，发现灰坑近百个，房址9座，另外有墓葬、陶窑等，整个出土遗迹和遗物文化内涵丰富，地层清楚，从发掘品中收集的木炭、骨等含碳样品，为14C测年提供了重要而珍贵的依据。
继瓦店之后，工程专题组人员又对河南龙山文化的另一个典型遗址——煤山遗址，重新进行了钻探和发掘，采集和收集了大量含碳标本。需要说明的是，无论是王城岗还是瓦店、煤山遗址，原有发掘品和这次试掘采集到的含碳样品，由于质量较小，大都无法利用仇士华、陈铁梅领导的常规14C实验室测定年代，而只能使用需用样品较少的加速器质谱法来进行测年。鉴于此，工程领导小组和专家组决定，来自河南龙山文化以王城岗为代表的含碳样品，由技术物理系重离子物理研究所利用加速器质谱仪来完成这一艰巨的测定任务。AMS测年技术的应用
加速器质谱学（简称AMS）是20世纪70年代末在国际上兴起的一项现代核分析技术，主要用于测量长寿命放射性核素的同位素丰度比，从而推断样品的年龄或进行示踪研究。
加速器质谱14C测定法与常规14C测定法相比，其主要优势在于所需样品量少和测量工作效率高，而测量的灵敏度与精度可达到3‰—5‰。AMS法需要的标本量不到常规法使用样品量的千分之一，几毫克的碳样标本利用加速器质谱测量，一般仅需数十分钟即可测定，而常规14C测年法，则要48小时或更长的时间。在时间紧、样品多的情况下，加速器质谱法就自然发挥出它独特的优势和作用。
用加速器质谱法进行14C测年可以达到相当高的测量灵敏度，若用行内的理论来讲，常规法14C测年的上限约为5万年，相应的14C／12C测量灵敏度为2．3×10…15。目前国际上先进AMS实验室14C测年的上限可超过6万年，相应的14c／12C测量灵敏度好于6．7×10…16。这个数据，如果用小米做个通俗的比喻，就是要在多于l，500，000，000，000，000粒相同的小米中，用AMS找出一粒稍重一点的小米来。这一千五百万亿粒小米放在一起有多大一堆呢？大约有五百万立方米。北京故宫博物院的面积是72万平方米，把这些小米铺满故宫博物院的话，还要堆到7米高！夏商周断代工程样品的年龄不超过4千年，其14C／12C的值大约是上述灵敏度的1000倍，但该值的测量精度要好于5‰。就是说，要在一千五百万亿粒小米中，把这一千粒稍重一点的小米的粒数捡出来并数清楚，漏掉和数错的粒数不能超过5粒。而且正由于加速器质谱计使用样品量小，对于珍贵的国宝级文物如甲骨以及遗址中出土的炭屑、骨片、残存的少量有机物，甚至于陶器、铜器上的烟炱等等，都可以采样用来测定年代，而常规法在这样的情况下则显得无能为力。
随着加速器质谱法的发明和不断发展、完善，这门学科在地球科学、考古学、古人类学、物理学以及天体物理学、环境科学、生物医学等领域广泛应用，加速器质谱学已被越来越多的科学界人士所认知和熟悉，它在社会生活中发挥的作用和影响也越来越大。尤其是20世纪80年代宗教界和科学界利用AMS测年法对都灵裹尸布这一千年悬案成功的破译，使它的名气几乎在一夜之间响遍了整个世界。（页下注：1998年4月21日，不列颠博物馆的考古权威和大主教一起来到都灵大教堂，把传说中耶稣当年受难时的裹尸布剪下长7厘米、宽1厘米的布条，分成三小块，在对方不知情的情况下，分别寄往美国亚利桑那大学、英国牛津大学和瑞士苏黎世联邦理工学院AMS测年实验室检测。实验表明，三家实验室达到了极佳的一致性，各个结果的差异在120年以内。裹尸布在公元1260年到1380年之间制成的可能性为95％，而有100％的肯定性表明决不会早于公元1200年。19